乙肝疫苗的接种部位一般是在三角肌部位，在上臂，距肩峰嵴5cm的三角肌中间区，也有臀部肌注疫苗的情况。但是近年来，有国外研究机构发现，在上臂三角肌接种者的抗体滴度(在接种后8～12个月)比臀部接种者高17倍，而臀部采用2.54cm(1英寸)针头则不一定能将疫苗注入肌肉，因此现在成人都普遍在三角肌部位接种乙肝疫苗，而婴儿和新生儿则可在腿前外侧肌肉接种。
