①慢性细菌性痢疾:
常有急性痢疾病史，粪便培养可分离痢疾杆菌，肠镜检查时取粘液脓性分泌物培养阳性率高，抗菌药物治疗有效。
②慢性阿米巴痢疾:
病变主要侵犯右侧结肠，也可累及左侧结肠，结肠溃疡深，边缘潜行，溃疡间粘膜正常。粪便检查可找到溶组织内阿米巴滋养体或包囊，通过结肠镜取溃疡渗出物作肠检更易找到阿米巴滋养体。抗阿米巴治疗是有效的。
③结肠癌:
多见于中年以上，经常直肠检查接触肿块，结肠镜与x线钡剂灌肠检查值得鉴别诊断，应注意与溃疡性结肠炎引起的结肠癌变差异。
④血吸虫病：
有疫水接触史，常有肝脾肿大，粪便检查可发现血吸虫卵，孵化毛蚴阳性，直肠镜检查在急性期可见粘膜黄褐色颗粒，活检粘膜压片或组织病理检查发现血吸虫卵。
⑤肠激素综合征:
伴全身神经官能症，粪便有粘液但无脓血，显微镜检查只有少数白细胞，肠镜检查无器质病变证据。
⑥其他:
肠结核、缺血性结肠炎、伪膜性结肠炎、梭菌性结肠炎、放射性结肠炎、结肠息肉病、结肠休息室炎等应与本病鉴别。
