正常情况下，成年人没有产生甲胎蛋白的能力。但细胞发生癌变时，肿瘤细胞可大量分泌甲胎蛋白。一般癌症恶化程度越严重，患者血清中甲胎蛋白含量越高。但是，即使患者甲胎蛋白水平正常，也不能彻底排除肝癌的可能性。有近20%的肝癌患者直到丧命，体内也没有检测出一定水平的甲胎蛋白。
目前没有发现任何物质，对某种癌细胞产生单一独特的反应。用现在的医学手段，检查中不能统计所有被测试物质。受测试物质生理活性的限制，多作为标志物的特征性产物，测试中阳性率不足70%。也就是说，即使患者得了比较严重的癌症，取样时也有可能因测试误差而无法显示强阳性，无法统计具体的标志物水平。其中也包括甲胎蛋白。
肝脏代偿能力强，对癌症的抵抗能力强。肝癌早中期，癌细胞周围的肝组织压力可由其他部分组织承担。因此，其活性有一定的下降，甲胎蛋白分泌水平达不到理想效果是正常的生理现象。
肝癌也分为多种类型，其中包括隐藏型肝癌。这种肝癌不仅不能促进身体分泌甲胎蛋白，还不能通过超声波检测出其存在，是人类生命安全的重大危险。
从统计学上看，有40%左右的肝癌早期患者，甲胎蛋白分泌水平正常。随着病情逐渐恶化，其中一些患者开始分泌甲胎蛋白，但一些患者仍然失去分泌这种糖蛋白的能力。肝癌晚期患者的15%左右，甲胎蛋白分泌水平正常。因此，在肝癌检测过程中，甲胎蛋白水平仅供参考，建议患者根据个人情况完善相关检测，必要时干预肝核磁共振、肝穿刺检测，可有效确诊肝癌。
