连花清瘟胶囊通常不能跟双黄连同服，因为两者功效基本一致，都有清热解毒、疏风解表作用，都用来治疗风热犯肺引起来的感冒，比如见到鼻塞、流黄脓鼻涕、发热比较重、怕冷、口干、咽喉肿痛、咳嗽、咳黄黏痰、小便黄、大便干、舌红、苔薄黄等风热感冒引起的症状，两者药物都可以用来治疗。
此外，两者成分当中有两味药完全一样，即连翘、金银花，都具有清热解毒功效。如果出现了风热感冒，用其中一种药物就可以，不可以两种同用。如果用太多清热解毒药，反而可能会伤害脾胃，出现腹痛、腹泻等消化道症状，反而不于疾病痊愈。
