HPV检查的准确性比较高，一般很少会出现假阳性。认为出现假阳性，首先可能是选择不正规的医院进行HPV检查，检查的设备陈旧，或操作者在操作过程中失误，可能误检导致假阳性。如对检查结果存疑时，可去正规医院再次检查。
其次可能是自身免疫系统清除HPV导致的，第一次做HPV检测时呈阳性，未治疗间隔一段时间再去复查，会发现HPV呈阴性，这是免疫系统自行清除了HPV，误认为HPV是假阳性。
另外，有些人认为HPV是经过性生活传染，自己没有不洁性生活，性伴侣的HPV为阴性，自己不会感染HPV。当检测中发现HPV为阳性时，觉得是检查失误，出现了假阳性。其实HPV除了经过性生活传播外，还可能会因接触HPV感染者的内衣、毛巾、浴巾等生活用品，或与HPV感染者共用公共场所的马桶、浴池、游泳池、游泳池座椅等，导致间接接触传染。
