马方综合征治疗根据实际病症而定。合并有先天性心血管病变必须要进行手术；合并心功能不全、心律失常则适宜内科治疗。
1、先天性心血管病变
马方综合征合并主动脉瘤、心脏瓣膜不全等先天性心血管病，情况较为严重，必须在早期进行手术修复，药物治疗并不奏效。未及时进行手术，动脉瘤破裂有出血性倾向，而心脏瓣膜关闭不全者或诱发心衰，影响患者生存期。及时手术治疗，成功率可达到80%以上，因此越早治疗手术效果越好。
2、心功能不全、心律失常
马方综合征若合并有心功能不全、心律失常等并发性症状不适宜进行手术治疗，以内科治疗为主。通过内科治疗可以缓解心律失常性症状，促进心功能正常。
