沙眼后遗症会引起角膜、结膜及眼睑板变化，若长期存在，引起角膜浑浊，影响视力下降，引起结膜萎缩。 沙眼后遗症有上睑下垂，可能发生在感染早期，主要表现为上睑提举无力，呈欲睡状。早期主要因上睑水肿和充血后重量增加、米勒氏肌受牵连等因素引起。晚期主要是瘢痕形成、米勒氏肌被破坏、失去收缩能力导致。 沙眼后遗症有睑内翻倒睫，较常见，主要是局部形成疤痕及睑板弯曲畸形引起，可刺激角膜导致眼部分泌物增多。严重者可出现角膜浑浊和变白、角膜溃疡，伴不同程度视力下降现象。
