精子畸形率高的治疗是需要根据发生的原因来看的。如果消除可不利因素（药物、放射线、高温、酒等），就应该针对病因进行治疗。由生殖道感染引起的患者，要进行抗炎治疗；如果是内分泌异常所致的患者，就要作出内分泌功能调整；对精索静脉曲张的患者，应考虑手术治疗，并且越早越好。
当精子畸形率超过70%的时候，就应进行染色体检查，如有染色体病，治疗会相对困难。另外还有一种方法可以解决因为精子畸形率高引起的不孕不育，那就是夫妻间人工授精，用裴尔科密度梯度离心法，可分离出活动力Ⅲ、Ⅳ级，形态正常的精子达90%，后行人工授精。
在中医看来，精子畸形的发生常常和肾有关系，因此，确诊后患者可以在医生咨询下服用相关补肾促精药物辅助治疗。
