导致婴儿发烧的原因，主要分为：非疾病因素、疾病因素。
1、非疾病因素
婴儿体温容易受外在环境影响：温度过高（中暑）、衣服穿太多、水份摄取不够、水份流失（流汗、腹泻）、房间空气不流通、剧烈运动前后、某些特殊药物作用，其它如预防注射也可能引起发烧。如果婴儿体温呈现不稳定状态，那么就应考虑疾病的可能性。
2、疾病因素
（1）小于3个月的婴儿发烧
以细菌感染最常见（如B型链球菌）；其它如呼吸道、泌尿道、肠胃道受感染或中耳炎也会引起发烧。最严重的感染疾病是败血症。所以新生儿发烧时，一定要带给医生检查，以早期诊断、早期治疗。
（2）大于3个月的婴幼儿发烧
最常见的是感冒、中耳炎、泌尿道感染。中耳炎通常是因感冒的细菌或病毒由耳咽管向上感染到中耳，除了严重的中耳炎可以看到脓流到耳朵之外，大部份是无法从外表看到异常现象。
另外，当宝宝有原因不明显的发烧时，验尿检查也是很重要的。大小孩在泌尿道感染时可能出现频尿、小便痛，甚至于有小便失禁、腰痛的现象。婴儿则可能只有厌食、吐奶、腹泻、黄疸等现象，看不出泌尿道方面的症状，所以非常容易误诊。少部份的泌尿道感染是因为泌尿器官先天发育畸型，例如肾脏的形状不对、输尿管进入膀胱的角度不对等等，需要以手术治疗。
