氏肺囊虫肺炎要配以药物和隔离治疗，但也很有可能会出现不少的后遗症和不良反应。
A.治疗做病原治疗。首选药物为甲氧苄啶加磺胺甲噁唑，连服2周，但不良副作用远较少见，表现为皮肤过敏与胃肠道反应。支持疗法包括应用人血丙种球蛋白，可以增强免疫力；
B.必要时吸氧。如在应用肾上腺皮质激素过程中发生此病，则需减量或停药。为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张进行呼吸道隔离，直至治疗结束；
C.对症治疗，卧床休息，多饮水及少量多次进软质饮食，补充足量的维生素及蛋白质，酌情静脉输液等。目前已经证实较有效的病毒抑制药物如利巴韦林（病毒唑）、阿昔洛韦、阿糖腺苷、金刚烷胺、干扰素等，可酌情应用；
D.卡氏肺囊虫肺炎治疗方法可能会有不良反应。本病经单独支持疗法(如吸氧、抗生素、输血、良好的护理等)。治疗后病灶多在短期内消失，不留痕迹，但亦有个别患者遗留肺纤维化。
