注射百白破疫苗的第二针后，因注射剂量增加了，往往会发生一定的反应，如在接种后的当天晚上婴儿会哭闹不安，难以入睡，有时还会发烧(一般不超过38.5℃)。注射的局部会红肿、疼痛、发痒，个别注射后注射侧腋下淋巴结肿大、婴儿烦躁不安等，这些都是属于正常的反应，而且可持续1～2天，这时让患儿多饮水，以促进体内代谢产物的排泄和降低体温，这些都是可以自行恢复的，家长们不需做任何处理以及过分担心。
如果婴儿体温升至39.5℃以上，有抽搐、惊厥、持续性惊叫等严重反应，就应该及时到医院进行诊治。在进行第三针注射时，应将上述情况反馈给医生，由医生决定是减少剂量注射，还是改用白破疫苗注射，或是不再进行第三针注射，以免再次发生严重反应或过敏反应。但是，这类异常反应的发生率极低，并不影响免疫接种方针的推行。
