接种本疫苗后，有些宝宝的身体不适应会产生一些轻微的反应，一般无严重的局部反应和全身反应的。该不良反应是由疫苗引起的一种边际效应，与疫苗产生免疫的初衷无关。疫苗副反应也就是发生在免疫接种后的任何不利反应。
流脑疫苗不是对每个孩子都有副反应，如果有个别儿童接种后，局部出现红晕、硬结，全身反应有低热，偶有过敏反应。一般发热都是低热，极少数为高烧，所以不必担心，只能用物理降温，如冰块或冷毛巾降温，过了反应就没事了。大多数接种者在接种后10～24小时出现，一般1～2天自行恢复。
在注射a群流脑疫苗前也应该搞清楚状况，看看自己是否适合注射，以免产生严重的不良反应。其中，中枢神经系统感染的病人不能接种；有高热惊厥史的人不能接种；有严重心脏、肝脏、肾脏疾病，尤其是脏器功能不全者不能接种；有精神系统疾病和精神病的人不能接种；有过敏史的不能接种；如发烧或正处于疾病的急性期，也不宜接种流脑疫苗，可以等康复后再补种。
