如果成道菌群失调是因为一些肠道疾病导致，这时就需要对其进行一系列治疗。治疗期间，患者要积极配合医生。如果需要进行手术治疗，患者也要积极配合。
1、如果患者需要进行手术治疗，在手术前要补充营养，也可以注射丙种球蛋白来提高机体的免疫功能。手术前的一些准备对患者进行手术有很大的辅助作用。
2、如果菌群失调是由于有结肠，胆囊炎而引起，维生素不足也会屎肠球菌减少或者消失。小肠如果蠕动过快就会引起酵母菌增加。这些原因都是会导致菌群出现失调的情况，想要改变这种情况，可以先对病因进行治疗。
3、如果菌群失调是因为饮食上而导致，就先要调整饮食。例如发酵性的腹泻，就先需要控制身体对碳水化合物的摄入。如果是因为一些药物引起，就要先停止用抗菌药物，先用适合肠道菌生成的药物。也可以服用一些药物，先将大部分的细菌消灭，然后再灌入正常的肠道菌群。
