治疗小儿肠炎的药物常见的有以下几类：
1、抗感染药物：如果感染志贺氏菌、沙门氏菌，可选用阿奇霉素、头孢克肟等药物。
2、抗病毒治疗：针对肠炎没有特定的抗病毒药物，因此关键还是要进行对症治疗。
3、乳酶生：本药是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类，生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌生长，防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化、止泻的作用。
4、蒙脱石散：本药物可以通过覆盖肠道黏膜，促进损伤的肠黏膜再生，吸附消化道内的气体及各种因子，平衡消化道内的正常菌群，促进肠黏膜细胞的吸附功能，从而起到保护肠黏膜并缓解腹泻的作用。
5、枯草杆菌二联活菌颗粒：该药物中含有枯草活菌和肠球菌，可以直接补充正常的生理菌群，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生、吸收，从而达到调整肠道内菌群失调的目的。另外还富含多种维生素、微量元素以及矿物质，可以补充因消化不良或者腹泻所致的营养缺乏。
6、酪酸梭菌活菌散：该药物含能够耐受促进肠黏膜再生和修复的重要物质酪酸，修复损伤的肠道黏膜，消除炎症，营养肠道，并且能促进双歧杆菌等肠道有益菌的生长，恢复肠道的免疫功能和正常的生理功能。此外，还可以促进营养物质的消化、吸收，对因肠道菌群紊乱引起的各种消化道症状及相关的急慢性腹泻均有一定疗效。
7、其他药物：发热时可选用布洛芬、对乙酰氨基酚等药物退烧，脱水时可以口服补液盐。
