在治疗任何疾病的过程中，最可怕的结果是耐药性。抗病毒药物耐药性是乙肝长期治疗的主要问题，HBV（乙肝）耐药可能会带来严重的危害。专家指出，在拥有多个乙肝抗病毒治疗药物的今天，乙肝病毒耐药已成为当今乙肝治疗领域最大的挑战。
为什么乙肝耐药？
耐药的原因有很多，比如乙肝患病率高，患者多，用药时间长。他曾经在病人中发现，三口之家都是乙肝病毒阳性，肝功能差。他们都用核苷类似物治疗。检测发现他们对乙肝药物有耐药性。这样的例子不是个别现象。据估计，中国约有8万-10万乙肝耐药性；此外，滥用药物也是一个重要原因，如一些乙肝孕妇选择核苷类似物预防未来出生的儿童；其他患者擅自停药；非专业医务人员非标准药物也是耐药性的原因。
耐药性突变后果严重
耐药乙肝病毒的出现会降低后续治疗的药物疗效。耐药病毒的出现抵消了以往的临床效益，导致病毒反弹和血清转氨酶升高。HBeAg血清转化率降低，肝病理进展，肝硬化患者肝功能丧失补偿和死亡，肝移植后肝炎复发率增加。
不同的研究表明，在上市的几种核苷类似物中，拉米夫定治疗5年耐药性为60%-70%；阿德福韦治疗的耐药性比拉米夫定晚，治疗5年，HBeAg阴性初治患者的基因耐药性为29%；替比夫定治疗2年，基因耐药性为22%（HBeAg阳性）、9%（HBeAg阴性)；恩替卡韦治疗初治患者4年时，基因耐药性低于1%-2%。需要强调的是，在分析不同研究中不同药物的耐药性发生率时，首先要明确耐药性的定义，然后考虑目标群体、时间、耐药性发生率的计算方法和检测技术。
