慢性非细菌性前列腺炎病因十分复杂，多数学者认为其主要病因可能是病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动和免疫异常等共同作用结果。
病原体感染
虽然常规细菌检查未能分离病原体，但这类患者可能仍与厌氧菌等特殊病原体有关L变形菌、纳米菌、沙眼衣原体、支原体等感染。
2.排尿功能障碍
有些因素导致尿道括约肌过度收缩，导致膀胱出口梗阻和残留尿液形成，导致尿液反流到前列腺，不仅能将病原体带入前列腺，还能直接刺激前列腺，诱发无菌"化学前列腺炎"。
3、精神心理因素
超过一半的长期前列腺炎患者有明显的心理因素和人格特征变化。如焦虑、抑郁、疑似疾病、歇斯底里，甚至自杀倾向。这些精神和心理因素的变化会导致植物神经功能障碍，导致后尿道神经肌肉功能障碍，导致骨盆疼痛和排尿功能障碍；或导致下丘脑-垂体-性腺轴功能变化，影响性功能，进一步加重症状，消除精神紧张可缓解或恢复症状。但目前还不清楚精神和心理变化是直接原因还是继发性表现。
4、免疫反应异常
近年来，免疫因素在慢性非细菌性前列腺炎的发展和病程演变中发挥着非常重要的作用。
5、氧化应激
前列腺炎患者氧自由基产生过多或/与自由基清除系统相对减少，从而降低抗氧化应激反应能力，增加氧化应激产物或/和副产物。
6.盆腔相关疾病因素
间质性膀胱炎是前列腺外周静脉丛扩张、痔疮和精索静脉曲张的可能原因之一。
