慢性前列腺炎根据病史、症状、直肠指诊、前列腺液检查等一般诊断并不困难，但对症状复杂、体征不典型的人应与以下疾病进行鉴别。
(1)前列腺脓肿多为急性细菌性前列腺炎并发症，多发于50-60岁，半数患者有急性尿积、尿频、排尿困难、直肠不适、尿道流脓、附睾炎。直肠诊断前列腺疾病侧增大，触摸柔软，有波动感。偶尔前列腺脓肿可以自然向尿道破裂，也可以向直肠破裂，被误认为是直肠周围的脓肿。
(2)前列腺结石是指发生在前列腺泡内和腺管内的结石。与前列腺慢性炎症、前列腺积液、腺管狭窄、代谢障碍等因素有关。无机盐如草酸钙、磷酸钙、磷酸镁等沉积在前列腺泡沫内的淀粉样本，上皮细胞和炎性渗出物形成结石，患者可以表现出慢性前列腺炎的各种症状，但直肠诊断表明前列腺有结石摩擦感，骨盆x线在耻骨联合区侧有阳性结石影，超声波检查表明前列腺结石部有强光带，有声影。
(3)前列腺结核症状与慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系结核或其他部位结核病灶的病史，直肠指诊检查前列腺呈不规则结节状，附睾肿大变硬，输精管有串珠状硬结，前列腺液结核杆菌直接涂片或PCR检测有结核菌。
(4)前列腺癌晚期可出现尿频、尿痛、排尿困难等症状，但患者常有消瘦、疲劳、贫血、食欲不振等明显全身症状，直肠诊断前列腺有硬块，表面高低不平，血清前列腺特异抗原和前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活检可发现癌细胞，超声波检查可见腺体增大，边界回声不整齐或有缺损，内部光点不均匀，癌肿部位有较亮光点或光团，CT检查可见前列腺形态不对称，若肿瘤向包膜外浸润，可见精囊和膀胱后壁的组织间隙消失。CT可以确定前列腺癌的浸润程度。
(5)耻骨骨炎临床上经常出现慢性前列腺炎的症状，但直肠诊断和前列腺液检查正常。主要特征是耻骨联合处有明显压痛，摄骨盆X线片示耻骨联合间隙增宽大于10毫米，双侧耻骨上支水平相差大于2毫米，耻骨联合边缘不规则，出现侵蚀和反应性骨硬化。
