深部真菌病与浅部真菌病不同，患者往往有明显的诱因和伴随的基础性疾病，因此，对真菌性肠炎的治疗必须兼顾除去发病诱因和伴随性疾病的治疗，用抗菌药物治疗效果不佳。而且现有的一些疗效比较好的抗菌药物都有不同程度的毒副作用，需要联合用药和中西医结合治疗，减少副作用，提高疗效。
一、一般治疗和对症下药
卧床休息，消化道隔离。给予易消化、高热量、高维生素、低脂肪饮食。限制进食牛奶以防腹胀。避免刺激性、多渣食物，防止诱发肠穿孔。退热可用物理降温。停止使用原来的抗生素。避免使用止泻药。可以使用微生态制剂。
二、液体疗法
1、静脉补液:饮食少、失水明显的患者应静脉输液，补充水分、热量，及时纠正酸碱平衡和电解质紊乱。原则上，损失是多少，遵循先盐后糖，先慢慢慢，补充酸钾的方针。
2、口服补液：适用于轻度失水者和静脉补液后病情已有改善者。
三、中医中药
运用中医整体观点，辨证施治，扶正除邪，提高机体免疫力，改善全身情况，同时加以有效的抗菌药物治疗。尤其是艾滋病并发真菌性肠炎，中西医结合疗法有其独到的优势。
大蒜、黄连、土槿皮、毛姜等中药均有一定的抗真菌作用。由大蒜的有效成分——大蒜素制成的注射液，可供静脉滴注，亦可口服。近来有人用中药浓煎成汁灌肠，亦取得不错的疗效。
四、抗真菌治疗
首选制霉菌素口服。重症或口服有困难者选用氟康唑或二性霉素B合用氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）静脉滴注。
1、制霉菌素：为多烯类抗真菌抗生素，因不溶于水，口服不吸收，故副作用较小。成人每次100万U，3次/d，儿童酌减，疗程10～14天。可以和大蒜素一起使用。
2、蒜素:为蒜经真空分馏得到的有效挥发油，化学名称为三硫二丙烯，也可人工合成。注射剂，成人每天90~150毫克，加入5%葡萄糖滴注，4~5小时滴注。口服胶丸，成人每次40~60mg，3次/d，饭后服用。儿童用量酌减。疗程2周～4个月。
3、氟康唑:为了替代酮康唑的下一代三唑类化学制剂，肝脏的毒副作用远小于酮康唑。用法:成人每天200~400毫克，儿童5~10毫克/(kg·d)，口服或静脉滴入。疗程为10~14天。该药不得与降低胃pH值的碱性药物一起服用。否则，也不得与降低血糖值、环孢素a、苯妥英钠、利福平、H2困难药物等合用。不要互相干扰，加快代谢，降低疗效。
4、伊曲康唑:作用与氟康唑相似，仅供口服。用法和注意点与氟康唑相同。治疗副球孢子菌肠炎需要6~12个月。
5、两性霉素b及其脂质体制剂(Ambisone):静脉应用的多烯抗真菌抗生素具有广泛的抗菌谱，但副作用大，只适用于重症患者。该药对地丝菌无效。用法:两性霉素b，50mg/瓶，去氧胆酸钠稀释，加入5%葡萄糖液，成为0.1mg/ml浓度，6小时内滴下。第一天0.25毫克/公斤，然后每天增加0.25毫克/公斤，每天0.75毫克/公斤后每隔一天更换一次。通常与5-氟组合使用，5~7天或病情减轻后，使用氟康唑或其他毒副作用较小的药物。主要副反应包括头痛、寒战、发热、恶心、恐惧、血栓性静脉炎、溶血性贫血、急性肾炎、心肌炎、心率异常等，可应用麻醉剂、糖皮质激素、阿司匹林、抗组胺药物和碱化尿液等，减轻毒副作用。使用两性霉素b脂质体，毒副作用明显减少，有助于增加药剂量，延长应用时间。应用方法:
(1)加入灭菌蒸馏水，将两性霉素b脂质体稀释为4mg/ml，剧烈振动分散均匀。
(2)用5%葡萄糖液稀释成0.2~2.0mg/ml浓度，通过孔径为5mm的消毒过滤器过滤，避光静脉滴注，30~60min内滴注。
(3)用量:每天从1.0mg/kg增加到3.0mg/kg，疗程为2~4周的新生儿每天1~5mg/kg，疗程为1个月。同一输液管道不得与电解质溶液和其他药物混合。
6、氟胞嘧啶（5-氟胞嘧啶）：为化学合成的广谱抗真菌药，通过真菌所特有的胞嘧啶脱氨酶，转化为5-氟尿嘧啶而干扰真菌核酸合成。单用效果差，与两性霉素B合用，可减少后者的用量以降低其毒性，并减少耐药菌株的产生。常用口服胶囊，亦可用1%溶液作静脉注射。使用量:成人和儿童，50~150毫克/(kg·d)，分4次口服。
7、甲紫:适用于地丝菌肠炎。用法:甲紫胶囊，每次30mg，3次/d。可与制霉素或氟康唑合用。
8、磺胺药:适用于副球孢子菌肠炎。用法:磺胺酮，成人每天4~6g，儿童每天60~100mg/kg，分3~4次口服。或磺胺甲唑/甲氧西林，成每天2片，儿童每天1片或酌减，口服1次。疗程需要6个月以上。
