儿童溃疡性结肠炎的主要并发症分为肠道并发症和肠道外并发症，具体如下:
一、肠道并发症
1、急性暴发型溃疡结肠炎:急性结肠扩张和溃疡穿孔，下消化道出血，结肠假性息肉，多发，大小不同，有时结肠狭窄
2、中毒性巨大结肠(toxicmegacolon):严重并发症，发生率为1.6%~2.5%，病死率为13%~50%，多见于急性暴发型和严重患者，诱因多与服用胆碱药物过多、低钾、钡剂灌肠有关，结肠病变广泛，肠道肌肉层和肌肉间神经丛累积，肠道扩张不能收缩，肠腔直径达到10cm以上，中毒症状明显，腹胀，腹部压痛
3、结肠穿孔（intestinalperforation）及直肠大出血：发生率在1%左右，病死率在40%～50%，因为中毒性巨结肠扩张的基础上发生。
4、息肉(polyp):晚期并发症，发生率为9.7%~39%，炎症引起，一般为结肠假息肉(pseudo-polyp)。
5、癌变(canceration):末期可发生癌变，发生率为5%~10%，病变主要发生在重型患者中，病变累及全结肠和病程较长的患者，癌变在儿童病例中较少，病程越长癌变倾向越高，发病后第10年癌变率约为3%，之后每年增加0.5%~1.0%，第2年10年达到10%~20%，因此儿童每年进行结肠镜检查，晚期并发症有肛门周围感染、肛门周围感染等。
二、肠道外并发症
1、关节受累：溃疡性结肠炎中关节受累约25%，表现为非致畸形性游走性急性关节炎，如肿胀，疼痛；同时受累可以是1个或多个关节，各个关节均可侵犯，但以膝，踝和腕关节多见。
2、皮肤损害：较常见，严重的活动性溃疡性结肠炎约15%有皮肤损害，结节性红斑较常见，且愈后不留瘢痕；坏疽性脓皮病为溃疡性损害，常见于躯干部，愈后留有瘢痕，在疾病的活动期，其发生率为5%～10%，但可治愈。
3、大出血（massivehemorrhage）：发生率为1.1%～4.0%，发生原因是溃疡累及大的血管发生出血，及低凝血酶原血症（hypoprothrombinemia）。
