寻找瘘口位置是诊断乙状结肠膀胱瘘的关键。膀胱镜对了解膀胱腔内病变和膀胱瘘口的位置具有重要价值，对疾病的诊断率约为67%，可见膀胱内漂浮的粪渣、粘膜局部红斑样变化、脓苔附着等，甚至可以直接发现瘘口。膀胱造影和IUP检测意义不大。
肠腔瘘口主要通过钡剂灌肠和结肠镜检查确定，钡剂灌肠由于肠腔的高适应性、瘘口狭窄和瘘管内分泌物的堵塞，钡剂难以进入膀胱的结肠镜直视观察瘘口，瘘口红肿、增生、糜烂、大量渗出物，直接观察瘘口
超声波、CT可以全面检查膀胱乙状结肠和瘘管，但CT更准确。文献报道CT诊断的准确率为60%-100%，CT诊断膀胱肠瘘特有的征兆是膀胱内有气体影，但必须排除泌尿系产气杆菌的存在和医源产气。此外，CT还可以判断病因。
