嗜酸细胞性胃肠炎的西医治疗原则是消除过敏原，抑制变态反应和稳定肥大细胞，缓解症状，消除病变。主要治疗措施:
一、内科治疗
1、饮食控制、确定或可疑过敏食品或药物应立即停止使用。没有食物和药物过敏史的人，牛奶(特别是儿童)、鸡蛋、肉类、虾、麦胶制品等可能引起过敏的食物可以采用顺序排除。很多患者在从饮食中排除相关致病食物或药物后，腹部疼痛和腹泻迅速改善，尤其是以粘膜病为主的患者，效果更加明显。虽然饮食控制不一定能治本病，但一般在制定治疗方案时，一定要把饮食控制作为基本措施，先应用。
2、糖皮质激素的应用激素对本病有很好的治疗效果，很多病例在用药后1~2周内症状得到改善，腹部痉挛性疼痛迅速消除，腹泻减轻和消失，外周血嗜酸性粒细胞下降到正常水平。以腹水为主要表现的浆膜型患者在激素应用后7～10天腹水完全消失。长期疗效也很好。个别病例激素治疗不能完全消除症状，添加硫唑布丁常用的良好疗效(每天50~100mg)。一般应用强松20~40mg/d，口服，连续7~14天作为疗程。也可以应用相当剂量的地塞米松。
3、色甘酸二钠应用色甘酸二钠(色甘酸钠)系肥大细胞稳定剂，稳定肥大细胞膜，抑制脱粒反应，防止组织胺、慢反应物质和缓激肽等介质释放，发挥抗过敏作用。色甘酸二钠的用法为40~60mg，每天3次。它也用于800~1200毫克/d。疗程从6周到5月不等。糖皮质荷尔蒙的治疗无效，或者产生比较严重的副反应者甘酸二钠治疗，作为前者的替代药物。
二、手术治疗
对于病变局限性以肌层浸润为主的患者，经常有幽门梗阻和小肠梗阻，可以考虑胃次全切除或肠段切除或胃肠吻合术。手术后，如果仍有症状或嗜酸粒细胞上升，可以使用小剂量强的松、5毫克或2.5毫克/d口服，并保持一段时间的治疗。
