嗜酸细胞性胃肠炎可通过实验室检查和影像学检查确诊。具体来说，
一、实验室检查
1、血液检查80%的患者外周血嗜酸性粒细胞增加，以粘膜和粘膜下层的病变和肌层的病变为主的患者(1~2)×109/L、浆细胞的病变为主的情况下，可以达到8×109/L、缺铁性贫血、血清白蛋白降低、血IgE增高、血沉增加快。
2、粪便检查嗜酸性胃肠炎粪便检查的意义是排除外肠寄生虫感染，夏科雷登(Charcot-Leyden)结晶，通常检查潜血呈阳性，部分患者有轻度中度脂肪泻，Cr显示白蛋白增加，α-抗胰蛋白酶清除率增加，D-木糖吸收试验异常。
二、影像学检查
1、x线检查中嗜酸性胃肠炎缺乏特异性，x线钡饮食可见粘膜浮肿，皱纹扩大，结节样充满缺损，胃肠壁增厚，腔狭窄，堵塞。
2、CT检查发现肠胃壁增厚，肠系膜淋巴结肿大或腹水。
3、内镜和活检适用于粘膜和粘膜下层病变为主的嗜酸性细胞性胃肠炎，镜下可见粘膜皱纹粗大、充血、浮肿、溃疡或结节，活检病理证明大量嗜酸粒细胞浸润，确诊有价值，但活检组织以肌层和浆膜层受牵连为主的患者价值少，有时需要手术病理证明。
4、腹腔穿刺腹水患者必须诊断性腹腔穿刺，腹水为渗出性，含有大量嗜酸性粒细胞，必须用腹水涂层染色，区分嗜酸性粒细胞和中性粒细胞。
5、腹腔镜检查腹腔镜下缺乏特异性表现，轻者只有腹膜充血，重者与腹膜转移癌相似，腹腔镜检查的意义是进行腹腔粘膜组织活检，接受病理诊断。
6、手术探测怀疑嗜酸细胞性胃肠炎一般不能剖腹探测术，但有肠梗阻或幽门梗阻或肿瘤时进行手术。
