1、病原学检测
由于真菌广泛分布在自然界，甚至空气中也经常有孢子飞扬，在采集粪标本和检测操作中，应尽量减少污染，标本应新鲜。有些真菌感染性强，如荚膜组织细胞浆菌，应注意安全防护，以免实验室人员感染。
(1)直接镜检标本:用氢氧化钾和生理盐水制成10%，在高倍镜下发现大量菌丝和孢子具有诊断意义。对于双相型真菌，只发现孢子可能是正常的带菌。霉菌性肠炎的6种常见病原往往可以直接通过镜子检查进行鉴定，但孢子、菌丝和其他背景物质有时会混淆，难以识别。
①菌丝和孢子：菌丝粗细一致，除毛霉菌外均有分隔，可见不同角度的分支，细胞质均匀，内含大小不等的颗粒。孢子多为圆形或卵圆形，多数大小一致，边缘整齐，可见细胞构造。
②细胞壁：在氢氧化钾溶液处理的标本中，细胞壁常变宽，连接成弧状，类似菌丝，但无菌丝的构造。
③石棉体：比菌丝更细，不分节，无菌丝颗粒。
④植物纤维:未消化的食物残渣，边缘不整齐，无分支。
⑤脂细胞:圆形，结构模糊，无细胞壁。⑥磷脂球:大小不同，形状不整齐，无细胞结构。
⑦氢氧化钾结晶：雪花样或珊瑚状，边缘呈锯齿形，折光性强。
⑧小水疱：圆形，透亮，无细胞构造。
(2)染色镜检查常用的染色方法:
①革兰染色:念珠菌、孢子、菌丝染蓝，但着色不均匀。
②碘酸锡夫染色(PA5):真菌孢子、菌丝染红。
③女孩橙染色:荧光显微镜下真菌孢子呈明亮绿色。
④健身房染色和瑞特染色:适用于荚膜组织细胞浆菌，染色前用甲醇固定，油镜下细菌染红，小端发芽，细菌周围有荚膜样结构，为此细菌细胞壁。通常菌体位于巨食细胞或单核细胞内，少数位于细胞外。
⑤乳酸酚棉蓝染色:适用于各种真菌培养涂层，菌体染蓝。
(3)真菌培养:粪标本直接镜检通常不易确定菌种，参考粪培养结果，观察菌落形态，选择菌落染色镜检。常用沙保培养基和血琼脂培养基。对于双相型真菌还需在不同温度下（25℃或37℃）分别培养，以便观察其形态改变。
①大培养：是鉴别真菌的主要方法之一，可观察菌落的生长情况。根据菌落的生长速度、形态、色泽等，初步判别菌种。
a。试管斜面:用白金环刺破琼脂平面，3点将标本连接到试管斜面培养基础上。这种方法不易污染，但菌落小。
b。培养盘:3点将标本连接到平盘培养基的中央，倒置后放入恒温箱培养，每3天观察一次菌落生长情况。
②小培养:将大培养中生长良好的菌落接种在玻璃培养基础上。培养1~3天后，在显微镜下观察菌体的特征。
a。点法:将少量培养基成形在载玻片的中央，将菌种接种在培养基的边缘。复盖玻璃，放入带u形管的玻璃盘中，培养后在不同时间取出镜子观察或染色镜检查。
b。压片法:将菌种接种到试管斜面或平盘培养基础上，复盖玻璃，使菌体生长在盖玻璃上，在适当的时间取出放置在盖玻璃上进行镜检。
2、组织病理学检查
有些真菌属于人肠道内正常菌群，如白念珠菌。另外，由于真菌污染问题广泛，粪标本病原学检查的诊断价值有限，有时需要结合肠镜活检结果进行综合判断。
(1)曲菌感染病理变化:具有诊断意义，包括
①炎症:急性渗出性炎症。
②溃疡的形成:曲菌侵犯血管，血管破坏，血栓和组织坏死的溃疡大小不同，形态不同，可深入肌层，底面粗糙，脓性渗出。
③肉芽肿:由上皮细胞和巨食细胞构成，伴有中性粒细胞、淋巴细胞或浆细胞浸润。
④化脓性变化:粘膜下形成小脓肿，大量中性粒细胞浸润，其中可见菌丝。
(2)病理切片中发现真菌孢子和菌丝是侵袭性肠炎的直接证据，具有肯定的诊断意义。染色方法包括:
①碘酸锡夫染色:真菌变红。
②乌洛托品银染色:真菌变黑。
③女孩橙荧光染色:真菌变黄或变红荧光。
3、免疫学检查
(1)真菌素皮肤试验:用念珠菌、曲菌、组织细胞浆菌、副球孢子菌等真菌素或细菌苗，按稀释比例进行皮肤过敏试验，48小时后直径5mm以上硬结或红斑阳性，对诊断临床症状不典型的患者具有参考价值。
（2）血清抗原检测：病原真菌被人体吞噬细胞等处理降解后，细胞壁和细胞浆抗原游离于血循环中，未被清除者可经酶免疫法（EIA）、间接血凝试验、免疫印迹法等检测。加热休克蛋白是真菌细胞浆的抗原。对于肿瘤并发性侵入型念珠菌病，发病后24小时内检测出50%的阳性，特异性达到96%。又如用ElA法检测曲菌肠炎患者血清中的细胞壁抗原和能与刀豆素A结合的相关抗原，有早期诊断价值，定量检测抗原水平达100μg/ml时，可对真菌培养阴性者做出确诊。
(3)血清抗体检查:补体结合试验对诊断组织细胞浆菌肠炎有一定价值，可参考皮肤试验结果综合判断，排除假阳性。间接荧光素标记抗体定量试验可用于诊断念珠菌肠炎。另外，对流免疫电泳、乳胶凝集试验、ELA等常用方法，后者最敏感。但是，对于伴有艾滋病等免疫功能的患者，抗体检查容易出现假阴性。
（4）猬集反应（cumping reaction）：念珠菌病患者血清内有一种猬集因子和抑制猬集现象的干扰物，前者可抑制由念珠菌在试管中的活力。血清猬集反应在正常人普遍存在，但感染念珠菌后，由于干扰物增多，猬集现象被抑制。
4、动物接种试验
对于粪标本真菌培养的菌落，其致病性如何，可进一步通过动物接种加以鉴定。
(1)接种方法:刮掉培养基上的菌落，研碎，加入生理盐水稍微振动，过滤菌丝，制作孢子混悬液，浓度在108/ml左右，注入动物体内。根据动物的大小和接种方法，剂量为0.2~1.0ml，多次接种可以加强动物的致病性。
(2)动物的选择和接种方法:根据菌种的不同，动物的感染性也不同，应选择适当的动物和不同的接种途径:
①白念珠菌:兔静脉注射或鼠腹腔注射。
②曲菌:选择兔子、小鸡静脉或腹腔注射。
③毛霉:选择兔静脉注射。
④组织细胞浆菌:细菌液加入胃粘液素5%，选择老鼠或老鼠腹腔注射。
⑤副球孢子菌:在豚鼠睾丸内注射。
⑥地丝菌:动物不生病。
(3)动物解剖:解剖前将动物放入苯酚溶液中消毒，在无菌条件下检查相应组织、器官的病理变化，将病灶材料直接涂抹和真菌培养。解剖后的动物尸体应火化，不得埋入土中，以免病菌扩散。
利用气相色谱法测量血清中真菌代谢产物或分解产物浓度，对确诊侵袭型真菌性肠炎具有一定的参考价值。如念珠菌胞壁上的甘露聚糖经水解后产生甘露糖，其血清浓度在念珠菌菌血症常大于800µg/ml，念珠菌肠炎在600～800µg/ml之间，正常人低于600 µg/ml。现代分子生物学技术飞速发展也为深部真菌病的诊断开辟了新的途径。核配探针杂交和PCR技术可以测量真菌的特异性基因片段，敏感快捷，目前国内外已经开展。
