阿米巴肝脓肿，除了疾病本身带给人体的损害之外，其引起的各种并发症也会带给患者更多的痛苦。
如果人的肠道因为阿米巴造成了病变，人体当中的溶组织阿米巴滋养体就会跟随血液进入人的肝脏，受到影响后肝脏会发生坏死的现象。阿米巴肝脓肿病起病时间长，患者往往会有全身性的症状。如果脓肿穿破周围组织，容易引起周围组织继发感染，引起各种并发症。
当脓肿将周围的器官击破时，右区脓肿可穿过膈肌，引起患者脓胸，还易造成患者肺部脓肿；如果支气管被肝脓肿穿破，则会造成患者胸膜-肺-支气管瘘；脓肿向下发展，可波及大肠、肾脏、以及患者的整个腹腔；当脓肿向左发展时，胃部亦会被脓肿穿破。
左区脓肿波及的范围也是比较广泛的，包括心脏，腹腔，胸腔，会导致患者心包炎，腹膜炎，还有胸膜炎。阿米巴肝脓肿所造成的并发症当中，除了胃肠道以及肝、支气管瘘预后良好外，其他并发症的预后都比较恶劣。
慢性的阿米巴肝脓肿容易造成患者继发感染，感染之后，患者就会伴有寒战，高热的这些明显症状，检测血液后，会发现患者的白细胞和中性粒细胞明显增多，这提示患者毒血症加重。
