有些患者不清楚阿米巴肝脓肿是哪里炎症，这主要是对于这种疾病还不够了解。甚至是一些已经患过阿米巴肝脓肿的人，在治愈之后，都难以说清自己的炎症性质。
阿米巴肝脓肿属于化脓性炎症，但阿米巴肝脓肿主要是因为阿米巴虫感染而造成的一种现象，。很多阿米巴肝脓肿的患者都是因为阿米巴肠病而造成结肠溃疡所引起的。由于有结肠溃疡，所以滋养体容易将血管壁破坏，这样滋养体就会进入血管并且跟着血液循环流入肝脏。还有一种严重的情况，就是脓肿，病原体可以直接穿透肠壁，对肝脏造成破坏。
人体肝脏中的肝小叶微静脉能起到过滤的作用，但是仍然有原虫会残留在V微末端，如果宿主的免疫力强身体健康，原虫入侵的数量少那么在这种情况下，宿主可以直接将原虫杀灭，这样就不会对肝脏造成损伤。
但是如果原虫多，侥幸活下来的原虫会继续在肝脏中繁殖，原虫繁殖的速度快，数量多，这样就会引起患者胃静脉栓塞。血管阻塞之后，由于肝脏缺少血液的滋养就会发生缺血性坏死，坏死组织就会变为脓肿。
除此之外原虫同样可以进入其他的周围组织，对肝部造成破坏。随着时间的推移，脓肿也在不断扩大。各个不同的脓肿在扩大时会相互连接融合，最终形成肝脓肿。阿米巴肝脓肿以肝区右叶顶部发病居多。
