初次感染生殖器疱疹的患者中，80%~90%为隐性感染，即没有临床症状。显性感染只是少数，一般初次感染恢复后多数转为潜伏感染。
原发性生殖器疱疹：潜伏2~7天。患者有头痛、肌痛、发热、无力等全身症状。原发损害是1个或多个瘙痒的红色丘疹，迅速变成水疱，3~5天后疱疹破溃形成糜烂、溃疡，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎体或尿道口。一般全身症状可持续5~7天，整个发病过程约6周。痊愈后仍存在复发的机会。
复发性生殖器疮疹：多在原发感染后1~4个月内复发，复发率约为60%疲劳、消化不良、月经来潮、气候变化、情绪波动等都能成为诱发因素。复发时多仍在原发部位，临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。复发前1~2天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性，女性患者由于症状不明显常不来就诊。发病后病程较短，一般平均8天能痊愈。
直肠肛门疱疹病毒感染：发生在男性同性恋者。患者肛门直肠疼痛，肛门有分泌物，大便时有里急后重感。
