在做肠镜检查时需先口服洗肠液，将肠道内的粪便等清理干净，再将肠镜通过肛门深入到直肠、结肠内，观察肠道粘膜是否存在病变情况。做普通肠镜检查时未使用麻药，在检查过程中患者的感受比较清晰，可能有明显的腹痛、腹胀感。
首先，检查过程中会向肠腔内注入气体或液体，减少肠道褶皱，从而更清楚地观察肠道粘膜是否出现病变，注入气体或液体时，会使肠道内有胀痛感。其次结肠部位弯曲，在做肠镜检查时常会旋转、勾拉肠道，被检查者有疼痛感。另外，检查时过度紧张、医生操作不熟练、存在肠道畸形等，会加重疼痛感。如被检查者对疼痛比较敏感时，通常难以忍受。
对疼痛敏感者做肠镜检查时，可以选择无痛肠镜，在麻醉状态下做检查，会明显减轻不适感。
