HPV病毒一般不会引起上呼吸道感染，但感染HPV的患者有口交性行为或母婴传播会引起上呼吸道感染。
HPV最主要的传播途径是通过性传播，同性或异性性行为中的黏膜接触均可造成感染，多发感染部分是宫颈、阴道和肛门等部位。需要特别注意的是，绝大多数口腔HPV感染可以追溯到口交行为。如果男性感染HPV病毒，在性生活中若有口交的行为，会对口腔黏膜造成损伤，进而引起上呼吸道感染。
除了性传播之外，感染HPV病毒的孕妇在生产时由于子宫收缩，胎儿通过产道时就容易感染上母体所携带的HPV病毒，宝宝感染了HPV病毒最明显的表现是皮损。通常HPV感染的宝宝免疫力都会比较低下，出现不同程度的上呼吸道感染，严重者可以导致肺炎等情况，所以女性在怀孕的时候，应当进行HPV病毒治疗，避免传染给新生儿。
