扁桃体清洗术要先进行局麻或表面麻醉，并用注射器对患处进行冲洗。
扁桃体位于咽部，在对扁桃体进行清洗时可能会产生咽反射，所以在术前需要喷洒局麻的药物或者使用表麻药物，如盐酸丁卡因胶浆、盐酸普鲁卡因注射液、注射用盐酸氯普鲁卡因等。使用这些药物可以降低咽喉部位的敏感性，防止手术过程中出现恶心和呕吐等症状，影响手术的进行。
接下来要准备合适的注射器，针头的粗细要根据隐窝口的大小来决定，将尖锐的一端劈断，扭去，稍微弯曲后进行打磨，使其变得圆钝。在注射器内注入生理盐水，将针头插入扁桃体隐窝口进行冲洗治疗。这种方法主要针对的是扁桃体结石，不过目前采用的比较少，若是病情反复发作，通常建议手术治疗，通过手术将扁桃体切除，可彻底治愈扁桃体结石。
