儿童支原体感染咳嗽时，可应用药物抗支原体治疗、对症支持治疗，必要时做综合治疗。
儿童因支原体感染引起咳嗽症状时，首先要针对病原体用药，病情较轻时可口服阿奇霉素、红霉素颗粒等大环内酯类的药物治疗，如病情严重，需静脉输液治疗。一般支原体感染病程较长，还容易反复，所以一定要注意足量足疗程用药。
因支原体感染引起咳嗽，还需应用止咳药物治疗。如咳嗽病情较轻时，可口服药物止咳，如蛇胆川贝枇杷膏、止咳糖浆，必要时配合氨溴索、溴己新雾化吸入止咳化痰。如病情严重，还需静脉输液或住院治疗。注意用药一定要遵医嘱，不可擅自用药。
如发生了重症支原体感染，出现大片肺实变、肺不张，伴随剧烈咳嗽症状时，需进行纤维支管镜检查，并进行肺泡灌洗术治疗。
