一般情况下，卵巢囊肿侧卧疼痛可能是卵巢囊肿、子宫内膜异位症引起的，患者可以根据具体原因进行对症治疗。具体分析如下：
1.卵巢囊肿：卵巢囊肿是指子宫内有包裹积液的肿块。在患卵巢囊肿的人中，只有少于百分之五的人会发生癌变。所有卵巢囊肿都属于功能性囊肿，就是说，发育中的卵子可能被囊肿积液包围，导致卵巢肿大，从而引起疼痛感。卵巢囊肿会随着时间逐渐发展，以至于当你运动或者静坐后站起，也会感到疼痛。建议患者在医生的指导下使用金鸡胶囊、桂枝茯苓胶囊等药物进行治疗，同时定期前往医院做检查。
2.子宫内膜异位症：子宫内膜异位症子宫内的细胞逐渐长到子宫外那些不属于它们的地方，比如输卵管、卵巢、膀胱外面。而在经期的尾声，这些细胞也会少量出血，同时导致它们延展到的区域发炎和遭受损害。我们的肌体会自动产生瘢痕组织来包围这些细胞，并阻断这一破坏作用。建议患者在医生的指导下使用布洛芬缓释胶囊、米非司酮片等药物进行治疗，同时注意休息，不要过度劳累。
