小脑萎缩的原因很多，如存在先天因素、后天因素，血液供应、免疫反应、肿瘤、炎症等。
小脑萎缩也称为脊椎小脑萎缩症，是一种以家庭为主导的遗传神经系统疾病。只要其中一位父母患有这种疾病，他们的孩子就有50%的机会遗传该疾病并发展为该疾病。同时发现与许多因素有关，例如病毒感染、免疫缺陷、缺乏生化酶、异常的DNA修复功能等。当人体向大脑供血不足时，会引起大脑局部缺血和缺氧，导致脑实质广泛扩散性病变，严重损害大脑的综合功能，甚至引起小脑萎缩。肿瘤患者可能发生副肿瘤综合征，即使肿瘤没有转移，也可能对身体其他器官造成损害，甚至神经系统也可能受到影响，并且可能对大脑、脊髓、周围神经造成损害，引起小脑萎缩。病毒，细菌和真菌会引起中枢神经系统严重的传染病，即大脑的实质性炎性疾病。脑炎治疗后，可能仍会留下脑炎后遗症，如运动障碍、智力低下、失语、眼瘫、吞咽困难等。
