HPV病毒通常不会引起眼睛部位的感染，可以通过相关检查来确定病因。如果存在细菌感染，可以应用抗生素类的外用药治疗；如存在HPV病毒感染，可使用抗病毒药物治疗。
HPV也就是人乳头瘤病毒，这种病毒有多种传播途径，主要是性传播，常见的感染部位为生殖器官，也可能会感染其他部位的皮肤和黏膜，比如腋下、口腔等，一般不会感染眼睛，但也不能完全排除这种可能性。如果在HPV病毒感染期间出现眼睛不适，需及时就医进行眼部分泌物HPVDNA检测，也要进行眼部的病原体检测，如细菌、沙眼衣原体等，确定引起眼睛不适的具体原因。
通过相关的检查后找到具体的发病原因，可根据病因采取相应的治疗措施。细菌感染可以应用抗生素类的眼药膏或眼药水，如红霉素眼膏、妥布霉素地塞米松滴眼液、左氧氟沙星滴眼液等。怀疑有HPV病毒感染，可以配合应用抗病毒的药物治疗，如利巴韦林片、重组人干扰素α-2b注射液、阿昔洛韦片等。
