肝癌患者常听医生说“甲胎蛋白升高”，“占位性病变”。肝癌的鉴别诊断没那么简单，接下来简单介绍一下易与肝癌混淆的疾病：
单纯查出甲胎蛋白升高而一时未发现“占位性病变”的，最难鉴别的是肝炎、肝硬化活动期。而对甲胎蛋白的浓度，甲胎蛋白和丙酸转氨酶动态变化的相互关系，以及医学影像进行仔细随访，鉴别就不难。但有些患者要数月甚至更长时间才能弄清。
甲胎蛋白升高伴有“占位性病变”，也不一定都是原发性肝癌。胃癌、胰腺癌，伴有肝转移的，有时也会出现低浓度的甲胎蛋白。
影像医学发现“占位性病变”，而血中甲胎蛋白没有升高，则需要鉴别的疾病更多。恶性病变中如继发性肝癌、肝肉瘤等;癌前期病变如腺瘤样增生;良性病变中如常见的肝血管瘤、局灶性结节样增生、炎性假瘤及肝腺瘤;甚至炎症，如肝脓疡也不容忽略。
甲胎蛋白阳性是指血液中的甲胎蛋白的浓度高于正常人的浓度(大于20微克/升)，阴性指其血液中的甲胎蛋白浓度在正常值范围内。甲胎蛋白阳性，而最终证明不是肝癌的有：怀孕、新生儿、生殖腺胚胎性肿瘤、急慢性肝炎、肝硬化、肝内胆管结石、胃癌、胰腺癌或伴肝转移、前列腺癌等。通常怀孕期产生的甲胎蛋白多在分娩后转为阴性。
最困难的是甲胎蛋白阴性肝癌的鉴别诊断。需要鉴别的恶性肿瘤包括继发性肝癌和其他肝内的恶性肿瘤。继发性肝癌常有原发癌史，最常见的是大肠癌、胃癌、胰腺癌、肺癌、乳癌也不少，这些患者大多没有肝病背景。
