如果在怀孕期间存在良性囊肿并伴有出血，椎弓根扭转，破裂或疑似恶性肿瘤，则在怀孕期间应积极进行手术，以免延误病情。手术治疗最好在怀孕12周以后，并且当囊肿大小超过8厘米进行手术治疗，并且在手术后应治疗休息和检测胎儿健康。
对于未怀孕的妇女，卵巢囊肿并不是严重的疾病，但是如果已经怀孕的女性在检查过程中会发现卵巢囊肿，这会使女性感到不知所措，并担心囊肿会影响胎儿的健康。那么，怀孕时如果患有卵巢囊肿该怎么办？
卵巢囊肿是否影响怀孕取决于其性质，卵巢囊肿恶性实际上是卵巢的恶性肿瘤，患病期间不适合怀孕。如果是卵巢良性囊肿，则囊肿的大小是影响妊娠的主要因素。通常，直径超过8厘米需要手术治疗。卵巢囊肿如果比较大对妊娠的可能影响包括：囊肿扭转，急性腹部破裂，流产的风险增加，早产，囊肿占据盆腔，腹腔的空间，影响胎儿的生长，囊肿导致分娩困难。
发现卵巢囊肿后，应有足够的观察时间，通常要观察到妊娠12周，由于妊娠还可以合并黄体囊肿，而黄体囊肿会随着持续缩小甚至消失。如果在怀孕期间存在良性囊肿并伴有出血，椎弓根扭转，破裂或疑似恶性肿瘤，则在怀孕期间应积极进行手术，以免延误病情。
妊娠12周前进行卵巢囊肿手术，由于胎盘在妊娠12周前尚未形成，不能产生足够的孕激素来维持胚胎发育，只能由黄体产生的孕激素维持，手术会破坏孕黄体用于促进胚胎存活，引起流产。妊娠12周后，根据囊肿的大小和性质以及孕妇及其家人的意见，决定是否进行手术。对于直径大于8厘米的囊肿，可以进行手术，并且在手术后应治疗休息和检测胎儿健康。
大多数卵巢囊肿切除术都是通过腹腔镜手术进行的，对于怀孕的母亲，手术创伤小，恢复快，对胎儿的影响小。手术时间的选择，通常选择为怀孕16至20周。因为胎盘是在怀孕16周后形成的，所以胎盘本身的内分泌功能足以替代卵巢黄体的功能，从而避免了对怀孕的不良影响。
