因为胃肠功能障碍不是实质性器官疾病，所以引起的症状也会严重影响生活质量。胃肠功能障碍的治疗通常是治疗症状，可以药物治疗，即使用药物治疗胃肠功能，还有就是自我调节，避免精神压力，饮食也应以温和食物为基础。
胃肠道神经官能症主要表现为胃肠道功能障碍，如腹泻型、腹胀型或混合型,患者的主要症状是腹泻、腹胀等肠道症状，而肠道症状通常与饮食密不可分，所以出现肠道疾病时饮食非常重要，那么怎么治胃肠神经官能症？
胃肠道神经症是一种焦虑状态，主要由胃肠功能障碍引起，因此，胃肠道是情绪的表达器官，通过缓解情绪来可以有效缓解神胃肠神经官能症，和自主神经功能的紊乱，对于这种情况，首先在治疗过程中考虑心理因素，心理疗法对超过三分之二的胃肠道神经症患者有效，包括缓解心理压力。
还可以用药物治疗，胃肠道神经症可以选择使用抗焦虑药物，例如5-羟色胺再摄取抑制剂，帕罗西汀等。也可以使用抗焦虑的苯二氮卓类药物。对于腹胀或腹泻型，也可采用一些对症治疗。在临床实践中，应根据具体情况进行治疗，主要是心理治疗和抗焦虑药物的选择。
除非情况较差，要卧床休息，大多数症状不严重的人，可以参加适当的劳动和工作。拥有规律的生活，经常参加适当的娱乐活动，平日运动量少的患者应进行体育锻炼，以增强体质并加速神经功能的恢复。饮食主要基于易于消化的食物，避免刺激饮食。
神经性厌食症患者需要住院，并逐渐养成正常的饮食习惯，营养不良，消化吸收不良的腹泻的患者需要静脉输液，为了治疗便秘引起的肠易激综合症，富含纤维的蔬菜通常具有治疗作用。
调节神经功能，改善睡眠。根据情况，可以使用以下药物和方法。镇静剂可与雷米宁、氯丙嗪、苯巴比妥、美拉通或谷维素合用。精神抑郁症患者可以选择抗抑郁药，例如阿米替林。解痉镇痛药抗胆碱能药能使平滑肌松弛，具有解痉镇痛作用。例如颠茄制剂，阿托品和丙磺酰胺。可以使用维生素B，那些病情较严重的人可以进行鼻饲，即将鼻饲管放入十二指肠，并滴入高营养液。
