衣原体感染根据感染部位不同相应的症状表现也有一定的差异性，常见的早期症状有咽喉疼痛、流鼻涕、尿频、尿急等。
1、上呼吸道感染
肺炎衣原体感染潜伏期较长，可以达到15-45天左右，患者会出现咽喉疼痛、流鼻涕、声音嘶哑等呼吸道感染性症状。
2、沙眼衣原体感染
沙眼衣原体感染者眼睛会出现倒睫毛，眼睛经常有脓性分泌物。而性病肉芽肿病原菌也属于沙眼衣原体感染类型之一，在感染早期，患者腹股沟淋巴结会出现不同程度肿大，与周围软组织形成炎性包块。
3、泌尿生殖系统感染
患者会出现尿频、尿急、尿不尽，尿道黏膜充血、尿道分泌物增加等症状。
4、鹦鹉衣原体感染
鹦鹉衣原体感染主要以肺炎、非典型肺炎症状为主。
