一般情况下，新生儿疾病筛查有荧光分析法、酶联免疫法或酶免疫荧光法、串联质谱技术。具体分析如下：
1.荧光分析法：现如今，实验室诊断技术不断发展，国内大多数的筛查实验室都是应用全定量荧光分析法来筛查新生儿苯丙酮尿症，有极少数的实验室会采用传统的Guthrie细菌抑制法来对新生儿苯丙尿酮症进行筛查，除此以外，新生儿苯丙尿酮症的筛查方法还包括高效液相色谱法。
2.酶联免疫法或酶免疫荧光法：新生儿先天性甲状腺功能低下的筛查一般来说都是采用酶联免疫法，也可以采用酶免疫荧光法，可根据新生儿的实际的情况以及医院的条件来选择具体的筛查方法。
3.串联质谱技术：串联质谱技术可以用于筛查氨基酸或者是脂肪酸代谢紊乱等25种新生儿代谢性疾病，有效率明显提高。
