白塞氏病的药物治疗，包括糖皮质激素、免疫抑制剂、非甾体抗炎药及中药等。
1.非甾体抗炎药：主要用于治疗发热、关节炎、结节红斑，如布洛芬、消炎痛、阿司匹林等。
2.糖皮质激素：其适应症为严重的眼部病变、高热、大动脉炎、严重口腔及外阴溃疡、伴有中枢神经病变急性发作、关节症状;其使用方法为泼尼松30~60mg/d，病情控制后减量，其维持量为10mg/d。
3.免疫抑制剂：此药物在糖皮质激素治疗效果不显著或治疗重症白塞氏病时可加用，如严重中枢神经病变时;常见的药物有①秋水仙碱，对有关节病变及结节性红斑者可能有效，有时对口腔溃疡者也有一定疗效;②环磷酰胺或甲氨蝶呤，静脉静注;③本丁酸氮芥，50~100mg/d口服，病情缓解后递减至2~4mg/d维持;④环孢菌素A和α-干扰素。
4.抗凝剂：用于合并血栓病变，如链激酶、尿激酶、阿司匹林及潘生丁等。
5.中药：中医认为白塞氏病是由于肝肾阴虚、湿毒熏发所致。选用甘草泻心汤(炙甘草、半夏、干姜、黄连、黄芩、大枣)，龙胆泻肝汤(龙甘草、栀子、黄芩、木通、车前子、当归、柴胡、甘草)及封髓丹(党参、甘草、大枣、白术)等加减治疗。
