在过去，输卵管妊娠的主要治疗方法是手术。但是最近几年，随着医疗科学技术的不断发展，大部分输卵管妊娠在早期时就可被发现，所以现在更多的是使用药物保守治疗的方法。
对于年轻的女性来说，很多都是系输卵管妊娠之后仍然有生育要求的，如果胚胎直径没有超过四厘米，未导致输卵管破裂，也未影响输卵管浆膜，腹腔中出血量少，生命体征稳定这时可以使用口服药物及之物肌肉注射，或是在超声波的引导下在孕囊内注入药物，或是在腹腔镜下，在输卵管内注射药物进行治疗。药物治疗的过程中必须对患者的生命体征进行严密观察，谨防不良反应的发生。
如果输卵管妊娠在早期时没有被发现，胚胎的直径已经达到了四厘米以上，这种情况下就需要进行手术治疗。如果输卵管妊娠已经造成了患者腹腔内有大量出血，这时需进行输卵管切除术，只有这样才可以快速止血，挽回患者的生命。
另一种手术治疗方式是保守性手术。保守性手术适用于仅有一侧输卵管也有生育要求的女性。一些年轻的女性，如果这次发生的输卵管妊娠是第一次怀孕，也应使用保守性手术。首先手术的方法就是将输卵管切开，将输卵管内的异物清除，最后再缝合输卵管。
输卵管切除术和保守性手术可以使用腹腔镜完成，也可以开腹完成，两者各有优点也各有缺点，在手术时建议患者能够听从医生安排，请医生帮助选择最合适的手术方式。
