制备眼药水时，应满足无菌、等渗、适当pH值等质量要求。开封后，与外界空气接触，使用时也可与眼睑、睫毛接触，可能污染眼药水，大大缩短保质期。因此，建议在开封后一个月内使用眼药水，不建议在此时间以上使用。
除了一些有特殊保存温度要求的眼药水(如重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液)外，大部分眼药水只要封闭在阴凉干燥的地方即可。有时把眼药水放在冰箱里不仅不能保存 "保鲜"，如果瓶盖没有拧紧，水分蒸发，也可能改变眼药水的渗透压，不利于眼睛健康。需要冷藏在冰箱里的眼药水，放进去前确保瓶盖拧紧，最好用塑料袋拧紧，然后放进去。
目前市面上单剂量小包装的眼药水很多，可以避免上述问题。使用眼药水前，应阅读说明书。如果眼药水颜色变化、浑浊、絮状物等，不宜重复使用。
