根据病史、症状、直肠指诊、前列腺液检查等一般诊断慢性前列腺炎并不难，但症状复杂、体征不典型者应与以下疾病相鉴别。
1.前列腺疼痛：这些患者表现为持续尿频、尿痛、排尿困难、会阴、下腹、腰骶等疼痛和不适，久坐和骑自行车后加重。直肠指诊检查两侧肛提肌压痛明显，前列腺触诊正常，无压痛。过去，这种疾病被称为梨状肌肛提肌综合征。前列腺液镜检查正常，细菌培养无生长。
2、前列腺脓肿：多为急性细菌性前列腺炎并发症，多发生在50~60岁，半数患者有急性尿潴留、尿频、排尿困难、直肠不适、尿道脓液，有些伴有附睾炎。直肠指前列腺疾病侧增大，触摸柔软，有波动感。偶尔前列腺脓肿会自然破裂到尿道或直肠，被误认为是直肠周围的脓肿。
3.前列腺结石：指发生在前列腺泡和腺管内的结石。它与前列腺慢性炎症、前列腺液潴留、腺管狭窄、代谢紊乱等因素有关。沉积在前列腺泡中的淀粉样体，如草酸钙、磷酸钙、磷酸镁等无机盐，上皮细胞和炎性渗出物形成结石。患者可表现出慢性前列腺炎的各种症状，但直肠检查可触及前列腺结石摩擦和骨盆X耻骨联合区一侧有阳性结石影，超声检查可在前列腺结石部位出现强光带和声影。
4.前列腺结核病：症状与慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系结核病或其他部位结核病病变的病史。直肠指诊检查前列腺结节不规则，附睾肿大变硬，输精管串珠状硬结，前列腺液结核杆菌直接涂片或PCR检测结核菌。
5、前列腺癌:晚期可出现尿频、尿痛、排尿困难等症状，但患者常有消瘦、乏力、贫血、食欲不振等明显全身症状，直肠指诊前列腺有坚硬如石的肿块，表面高低不平，血清前列腺特异抗原及前列腺酸性磷酸酶增高。前列腺穿刺活检可发现癌细胞，超声波检查可见腺体增大，边界回声不整齐或有缺损，内部光点不均匀，癌肿部位有较亮光点或光团。
CT检查显示前列腺形态不对称。如果肿瘤浸润在包膜外，与膀胱后壁的组织间隙消失。CT前列腺癌的浸润程度可以确定。
6.耻骨骨炎:临床上常表现为慢性前列腺炎，但肛门诊断和前列腺液检查正常。主要特点是耻骨联合处有明显的压痛和骨盆摄入X线显示耻骨联合间隙增宽双侧耻骨上支水平相差10mm耻骨联合边缘不规则，有侵蚀性和反应性骨硬化。
