肠炎根据病原不同，一般应根据流行学史和临床表现初步判断。肠炎的确诊需要依赖实验室检查，常用检查包括:
1、实验室检查
包括细菌培养、血小板计数、白细胞计数、大便培养、血液培养、细菌分型、厌氧菌培养、红细胞计数等。
2、内镜检查
临床上大多数病变为直肠和乙状结肠，采用乙状结肠镜检查。乙状结肠镜检查很有价值，对于慢性或疑似全结肠患者，应进行纤维结肠镜检查。一般不清洁灌肠，急性期重者应禁忌，以免穿孔。内窥镜检查具有确诊价值，通过直视反复观察结肠肉眼的变化和组织学的变化，了解炎症的性质和动态变化，也可以早期发现癌前病变，在镜下正确收集病变组织和分泌物，排除特异性肠道感染性疾病。
3、数字化胃肠影像仪
数字化胃肠影像检查对慢性胃炎、胃溃疡、胃窦炎、胃肠息肉、胃癌等常见胃肠病例，确诊率高达99.5%，为临床治疗提供客观诊断依据，有效防止误诊、漏诊等情况。
4、放射学钡剂检查
临床静止期可进行钡灌肠检查，判断近端结肠病变，克隆患者应进行全消化道钡饮食检查，气钡双重对比法容易发现粘膜浅表病变。常规钡灌肠x线检查显示①轻度溃疡性结肠炎患者，x线检查阴性，中度和重度患者有典型表现。②结肠壁边缘呈锯齿状突出的钡影和轨道状褶皱相。③充盈缺损，形成假息肉，少数病例结肠壁纤维化和息肉增生，肠腔狭窄。④肠袋消失或变浅，肠缩短僵硬，甚至像水管一样。⑤雪花征:由于微小溃疡和糜烂，附着钡剂、钡斑点，气钡双重造影像雪。⑥排钡异常。⑦直肠后间隙增大达2cm以上，表明直肠和直肠后组织有严重炎症。⑧要注意结肠癌的有无。
