男性感染人乳头瘤病毒能否自愈取决于感染严重程度及自身免疫力情况。部分患者感染并不严重，一般可自愈。如感染严重、自身免疫力较差，自愈的可能性较小。
患者的免疫力较强、病毒感染性较弱、病毒量较少，在自身免疫力作用下能逐渐清除病毒，并产生抗体。若感染者人乳头瘤病毒感染性很强，或体内病毒量较多，会加速复制，加上自身免疫力和抵抗力较弱，一般无法自行清除病毒。若持续感染超过三年，还会导致病发，多为尖锐湿疣。若十年内持续感染高危型人乳头瘤病毒，则可发生癌变。
