一般情况下，复方消化酶不能长期吃。具体分析如下：
虽然复方消化酶能够有效的改善消化不良的问题，但是不可以长期服用。服用复方消化酶的目的是改善消化不良等胃肠道不适，如果症状已经消失，没必要再继续服用。如果用的时间过长，有可能会产生副作用以及毒性作用，危害身体健康。虽然复方消化酶并不是抗生素类药物，不容易产生耐药性，但如果长期不加节制的服用，出现这种情况的可能性将会明显增加。如果产生了耐药性，以后再服用这种药物效果就会变得很差，甚至是没有效果。
复方消化酶的副作用相对而言比较小，不过如果长期服用，有可能会产生一些不良的胃肠道反应，比如说呕吐。有些人也会出现排便次数增多以及大便稀薄等不良表现。
