毛囊炎常见后遗症主要为：永久性脱发、瘢痕硬节、化脓性血栓性静脉炎或脑脓肿。
1、永久性脱发
毛囊炎好发于头皮、胸部、背部等部位，尤其是以头皮部毛囊炎更为常见，头皮毛囊炎炎症较浅，通过局部用药可去除局部炎症症状表现，可逐渐恢复，不会遗留后遗症；如果毛囊炎炎症反应较深，即便是通过系统性治疗，毛囊根部受损已引发永久性脱发。
2. 瘢痕硬节
毛囊炎发病于颈部，局部淋巴结组织较多，淋巴结组织再受到炎症刺激，有可能会产生病变，局部呈现乳头状增生，严重时可形成瘢痕硬节。
3、化脓性血栓性静脉炎、脑脓肿
毛囊炎深度发展可形成毛囊周围炎，患者常伴有淋巴结肿大、头痛以及发热等症状。当位于鼻窦和口唇部位，毛囊周围受到挤压，病菌可通过血液进入颅内，引起化脓性血栓静脉炎、脑脓肿。
