不论是原发性闭经或是继发性闭经，其发生的原因既有共同之处，也有不同之处。正常月经周期是由丘脑下部——垂体——卵巢轴各个环节的内分泌功能所调节，如果任何一个环节发生障碍就会发生月经失调，有时导致闭经。控制正常月经周期的主要环节有四个，我们从每个环节逐一进行分析。
⑴ 子宫性闭经：闭经的原因在子宫，月经调节功能正常，卵巢有功能，但子宫内膜对卵巢不能产生正常的反应，故称子宫性闭经。引起子宫性闭经的常见疾病有：子宫内膜损伤或粘连综合征，子宫内膜炎，子宫发育不全或缺如，子宫切除后或子宫腔内放射治疗后。
⑵ 卵巢性闭经：闭经的原因在卵巢，卵巢性激素水平低落，子宫内膜不发生周期性变化而致闭经，常见的疾病有：先天性卵巢发育不全或缺如，卵巢功能早衰，卵巢切除或组织被破坏，卵巢肿瘤。
⑶ 垂体性闭经：主要病变在垂体。垂体前叶的器质性疾病或功能失调，可影响促性腺激素的分泌，从而影响卵巢导致闭经。
⑷ 丘脑下闭经：是最常见的一类闭经。由于丘脑下功能失调而影响垂体，进而影响卵巢而引起闭经。其病因复杂，可由于中枢神经器质性病变、精神因素、全身性疾病、药物和其他分泌功能紊乱而引起。
