衣原体感染未得到及时治疗，反复感染，病情严重时会导致失明、不孕症发生。
1、失明
将近45%左右的沙眼症患者与衣原体严重感染有一定的关系，经常性出现衣原体会引起眼睑内翻、倒睫毛、角膜血管翳、结膜炎等后遗症发生。结膜炎会对患者造成永久性的损伤，严重者会诱发失明。
2、不孕症
女性不孕症也与衣原体感染有一定的关系，衣原体感染未得到及时控制会引起女性患有子宫炎、输卵管粘连、盆腔炎等妇科疾病，影响到精子与卵子正常的结合而诱发女性不孕症、异位妊娠。衣原体感染女性患有不孕症的几率要高正常女性32%左右。
