皮肤囊肿无法自愈，久拖不治，病情可逐渐加重。患者可通过药物治疗、物理治疗、手术治疗等方法予以治疗。
1、药物治疗
药物治疗，包括外用药物、口服药物以及注射药物。外用药物适合囊肿未发生皮损者；口服药物则适合于合并有细菌感染性症状者；注射药物是和囊肿有炎症病变者。
2、物理治疗
物理治疗主要包括激光治疗、冷冻治疗以及电灼治疗等方法。这些方法可在短期内消除囊肿组织，安全性高，副作用问题较小，不易反复发作，但是应用不当，容易留下疤痕。
3、手术治疗
对于单个体积较大囊肿，可通过手术切除包含在囊壁在内的整个囊肿组织，避免反复发作。而当囊肿出现局部炎症时，囊比较为脆弱，无法完全切除，易容易反复发作，应在术前服用消炎类药物，炎症反应消退后再行切除手术。
