流感病毒会变异，当人体细胞感染两种不同的流感病毒时，很容易发生基因重排，从而导致病毒变异，变异的毒株往往有更高的致病性。
流感病毒是分节段RNA病毒，不同毒株的基因重排率比较高，而且流感病毒的抗原性变异频率快，主要通过抗原漂移和抗原转化两种形式来转变，其中抗原转变会引起HA和NA的的主要抗原变化，而抗原漂移者会引起次要抗原变化。病毒基因组包括了包括了8个负链的单链RNA片段，如果细胞感染了两种不同的流感病毒，病毒的8个基因组片段便会随机发生交换以及基因重排。
发生基因重排之后，往往会形成具有高致病性的菌株。基因重排与基因重组是不同的，基因重排只发生在同一种病毒之间。单一位点突变能够改变表面蛋白的结构，进而改变抗原以及免疫学特性，产生抗原性变异体。
